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“La secuenciación masiva está poniendo de manifiesto información que antes pasaba desapercibida”


Francisco Martínez-Abarca, investigador científico en la Estación Experimental del Zaidín

Fco. Martínez-Abarca

Es investigador científico del CSIC desde 2009. Al año siguiente adquirió la responsabilidad de gestionar el servicio de secuenciación de ADN de la Estación Experimental del Zaidín (EEZ), centro adscrito al CSIC y ubicado en Granada. Ha secuenciado mediante técnicas de secuenciación masiva el genoma completo de la cepa GR4 de Sinorhizobium meliloti, una bacteria que vive en las raíces de la alfalfa (Medicago sativa) y que a cambio de cobijo le proporciona a la planta el nitrógeno del suelo en una forma química que pueda asimilar.

GR4 es la quinta cepa del género Sinorhizobium de la cual se obtiene su secuencia genómica completa. Gracias al avance de las técnicas secuenciación masiva y del análisis bioinformático este objetivo se consigue cada vez con menor coste y en un tiempo más reducido, tal como ha sucedido en el caso de Francisco Martínez-Abarca junto con el grupo de Ecología Genética de la Rizosfera en la EEZ. Han abaratado diez veces el coste de la secuenciación de un organismo completo con respecto a secuenciaciones anteriores gracias al desarrollo de nuevos algoritmos de análisis bioinformático.

P: ¿Cómo llega a dedicarse a las técnicas de secuenciación masiva?

R: Gran parte de la culpa fue porque originalmente ya teníamos un interés previo en introducirnos en el estudio genómico como tal, en nuestro caso de poblaciones bacterianas del suelo con un interés aplicado a diversos aspectos. En un momento determinado se alinean los planetas de manera adecuada para que sea factible esta idea. A partir de ahí hay una apuesta muy grande no sólo a nivel personal sino a nivel de centro, de institución y de consorcios. Todo ello en su conjunto ha motivado que efectivamente la cosa tome cuerpo y ha hecho que ahora seamos centro de referencia en lo que se considera genómica en España. Ahora mismo somos el primer centro en Ciencias Agrarias, si no me equivoco, que dispone de equipos de este tipo.

P ¿Cuántos equipos de secuenciación masiva puede haber en España?

R: Puede haber alrededor de una veintena juntando hospitales, centros de investigación puntera, etcétera… aunque me podría estar equivocando. Con independencia del número, que no es lo único importante, el problema, como en todos los casos es darle uso y que tengan aplicaciones biológicas e incentivar las posibilidades de que los investigadores se lancen a este asunto tan vertiginoso, es realmente así. Hay cosas que has estado haciendo desde hace diez-quince años, pero de repente hay que saltar al precipicio. Es decir: o me meto en esto o vamos a estar a rebufo.

“Cada uno se tiene que hacer experto en sus propias muestras”

P: Entonces se han puesto al día con este trabajo…

R: La gracia, entre comillas, es que aun empezando más tarde  podemos muy rápidamente ser un referente. Digo esto porque es tan cambiante la metodología y la manera bioinformática de procesar los datos que no hay expertos, y esto es algo que voy corroborando día a día. Cada uno se tiene que hacer experto de sus propias muestras.

Suena un poco contradictorio, pero es así. Si de repente envías a un estudiante, o te vas tú mismo a un centro de referencia en genómica, por ejemplo a Celera, en la parte Este de Estados Unidos, a lo mejor son expertos en el tratamiento de las secuencias de un determinado tipo de eucariota, pero realmente tu problema biológico, tu bacteria, tu ecosistema o lo que sea va a tener un tratamiento bioinformático completamente distinto, de manera que no te van a servir tanto los scripts (algoritmos) que han desarrollado en ese centro.

Tenemos que ir haciendo cada uno su camino de manera individual, eso sí, muy atentos. En un momento determinado todas las investigaciones tendrán siempre el mismo sesgo, pero a día de hoy el abanico es tan amplio que tomar decisiones sobre qué equipo lo hago o cuánto me va a costar, no las puede tomar nadie por ti, las tienes que estudiar muy en detalle.

Entonces, a la investigación normal que se hacía hasta ahora: yo tengo un sistema biológico, una pregunta, un fenotipo… pues ahora hay que añadir además toda una estrategia económica, de gestión y de ideas para ver cuál es el mejor camino, para resolver una cuestión, llamémosle, genómica. Como en todo, lo más barato no siempre es lo más barato, entonces hay que pensarlo en toda su magnitud, puede ser que gastarte diez mil euros compense a gastarte sólo dos mil. Tienes que tener claro a qué nivel quieres llegar.

P: Concretamente su trabajo se centra en el genoma de una cepa de la rizobacteria Sinorhizobium meliloti…

R: Es complicado obtener esta información, de hecho ahora sólo hay cinco publicadas y si quitamos el esfuerzo tremendo que se hizo para la primera, que fue en el año 2001, las siguientes han tenido distintos tipos de esfuerzo, llamémosle económico.

Las dos últimas, una en Alemania (RM41), y la nuestra han sido probablemente, entre comillas, las más baratas. La nuestra, en concreto, es la primera rhizobacteria secuenciada íntegramente en España y por un grupo sin colaboraciones internacionales. No es que no las hayamos tenido, de hecho las tenemos, pero todos los firmantes de ese trabajo somos españoles: becarios y personal de nuestro grupo.

La manera en cómo nosotros  hemos secuenciado esta cepa ha venido muy derivada de la propia estrategia que utilizamos para su secuenciación, que es completamente novedosa. Es completamente novedosa a día de hoy. Porque cuando miras las publicaciones en este momento descubres que ninguna bacteria se ha secuenciado de esta manera.

Es a esto a lo que me refiero, aunque haya muchos centros de secuenciación punteros que te hagan una serie de recomendaciones de lo que tienes que hacer para secuenciar una bacteria de tus características, la manera en que la que lo hemos secuenciado y cómo hemos dilucidado todos y cada uno de los 7.157.454 nucleótidos ha sido muy personal y muy particular y lo publicaremos próximamente. Ha sido realmente ingenioso, a priori nadie habría sospechado que la manera de secuenciar nuestra cepa haya costado sólo, entre comillas, sólo diez mil euros.

 

P: ¿Y qué es exactamente lo novedoso?

R: Para comprenderlo hay que entender la propia complejidad de la secuenciación de un genoma. Cuando uno pone en un periódico la frase “He secuenciado mi genoma”, el de Francisco Martínez-Abarca, y me ha costado un iPad, ¿qué es lo que realmente se ha hecho?

Por el precio de un iPad yo lo que sé son dos mil millones de nucleótidos uno detrás de otro. Ahora, esos dos mil millones de nucleótidos que se corresponden con la secuencia en letras de GACT del Dr. Francisco Martínez-Abarca están puestas a modo de un puzle, de tal manera que están distribuidos en cachos que pueden ir desde 10.000 hasta 500.000 nucleótidos. Sin embargo, todos esos cachos no están ordenados, no sé el orden que tienen. No sólo no lo sé, sino que no me preocupa. ¿Qué es lo que tengo en esos dos mil millones de nucleótidos que se corresponden con mi secuencia? Tengo todo mi contenido génico, todos mis genes. Sin embargo, en qué cromosomas están, cuál es su disposición o cuál es su orden lo tengo que inferir. O sea, esa segunda información, llamémosla estructural, no la tenemos.

Tener esa información importa en función de cuál sea la pregunta. Si la pregunta es si tengo un determinado gen de predisposición a un determinado tipo de enfermedad, esa información ya la tengo. Si tu pregunta es si esto lo tengo en el cromosoma X o en el cromosoma 23 te tienes que gastar fácilmente la friolera de dos ceros más: cien mil euros. Traduciendo esto a un genoma bacteriano es algo similar: hemos llegado a esos cien mil euros pero costándonos diez mil.

Hemos aprendido cómo configurar todo ese puzle y cómo bioinformáticamente podríamos tratar los datos que nos escupen las máquinas de secuenciación para generar un puzle físico real, comprobado, y con muy poco gasto de dinero. Ahí es donde está la diferencia, hemos conseguido acelerar, abaratar y con ingenio hacer cosas que hasta hace poco se pensaba que no había más remedio que multiplicar por diez el coste para obtener la información que nosotros decimos que hemos obtenido.

Hemos generado una serie de scripts que con esos tratamientos conseguimos resolver el siguiente puzle: nuestra bacteria tiene cinco cromosomas, aunque estrictamente no son cinco cromosomas. Escherichia coli, que es una bacteria modelo, tiene sólo un cromosoma, la nuestra tiene cinco. Nosotros hemos podido inferir qué partes de la secuenciación se corresponden con cada uno de los cromosomas de manera diferencial. Eso no es tan fácil.

“Tener la secuencia es sólo el principio, ahora vienen las verdaderas preguntas”

P: ¿Y el orden de los genes dentro de cada uno de los replicones de la bacteria también?

R: Sí, nos hemos basado en una serie de publicaciones donde habían planteado estrategias que se están implementando cada vez con  más frecuencia en proyectos de este tipo, pero la novedad de nuestro trabajo radica en que además hemos trabajado con este tipo de información de una forma muy particular. Nuestra secuenciación tiene unos cánones de calidad semejante o incluso superior a los genomas ya secuenciados. Como digo siempre, tener la secuencia es sólo el principio, ahora vienen las verdaderas preguntas. En el grupo estamos interesados en demostrar que esto sirve para otras secuencias, porque aunque lo que hemos hecho es sólo para una secuencia creemos que esto es extensible a todos los genomas bacterianos.

P: ¿Se podrían aplicar estos algoritmos a cualquier tipo de análisis realizados en cualquier plataforma de secuenciación masiva?

R: A priori sí. Y de hecho esta manera de resolverlo puede generar otro tipo de propiedades que hayan estado escondidas en secuenciaciones ya antiguas de tal manera que puedan incluso corroborar y verificar lo que estamos diciendo y así resolver posibles ambigüedades que han quedado en el tintero, de manera que cualquier plataforma debería de tener la capacidad de poder inferir una especie de algoritmo similar. Si no idéntico, sí similar.

La base de este algoritmo creemos que tiene que ver con un asunto, llamémosle de concentración. Sospechamos que la relación molar con la que una secuencia se encuentra en una determinada secuenciación masiva está directamente relacionada con el replicón donde se encuentra. En bacterias la relación molar entre los distintos replicones, cromosomas, no es 1:1:1, hemos descubierto que es 1:0,8:0,7, y esa pequeña diferencia, que es significativa, es la que ayuda a entender el porqué de esa asignación.

Es decir, si tú tienes un genoma humano va a depender mucho del estado de división del material de partida. Los cromosomas no se dividen simultáneamente con la misma eficiencia. Esa pequeñita diferencia que hasta ahora no se tenía en cuenta, las plataformas de secuenciación masiva las están poniendo de manifiesto. Pero una vez tengamos que efectivamente esto es una realidad extensible, puede ser algo tan sencillo como que cuando se quiera secuenciar cualquier genoma hay que tener muy claro en qué estadio de la división están las células de esa muestra.

 P: ¿Qué implicaciones puede tener esta desviación durante el ciclo celular? ¿Tiene alguna implicación a la hora del análisis de estos genomas?

R: En el caso de bacterias hay en España grupos muy punteros que trabajan en división bacteriana, lo que hemos leído al respecto es que, efectivamente, estos datos concuerdan con alguna de las hipótesis ya planteadas previamente: el disparador de la división de una célula debe estar en el replicón clave de la bacteria, es decir, el que contiene el origen de replicación del cromosoma real. En estas bacterias en concreto existe lo que se denomina cromosoma verdadero en algunos casos, y el resto es el material genético accesorio, que suelen ser plásmidos de gran tamaño. En nuestro caso, la bacteria contiene mucha más información genética en los plásmidos que en el denominado cromosoma verdadero, pero es ese cromosoma el que dicta el comienzo de la división de la célula, el resto de replicones van a rebufo, un pelín más retrasados.

Entonces, si esto sucede en determinado tipo de células pudiera ser que hubiera cromosomas que, por ejemplo, en el caso de los 23 cromosomas que hay en el hombre a lo mejor la división celular no es idéntica y simultánea exactamente en todos los cromosomas, si no que siempre, por el motivo que sea hay a lo mejor uno en el que empieza la replicación primero

Vuelvo a insistir: este tipo de técnicas o este tipo de manera de ver las técnicas te puede dar muchos más datos de lo que sospechabas originalmente. No es sólo preocuparte por qué contenido génico tengo, sino que te puede dar incluso un tipo de información biológica de algo que está pasando y que te había pasado desapercibido.

También puedes dar la vuelta a la tortilla e inferir esa información como una característica útil para efectivamente tener la secuenciación genómica lo más rápidamente posible, lo más definida posible y con el menor coste.

“Se está viendo cada vez con más frecuencia que los genomas no son estáticos”

P: ¿Qué preguntas os habíais planteado desde el principio y qué preguntas os habéis contestado hasta el momento o pensáis que se van a contestar conforme vaya avanzando el trabajo?

R: Tenemos financiación para cinco años, y estamos en el tercero de un proyecto Consolider cuyo coordinador es Francisco Rodríguez Valera, catedrático de la UMH, del Campus de San Juan. El proyecto se llama “Genómica microbiana comparada”. De alguna manera nos hemos aunado grupos que tenemos como objetivo común estudiar el dinamismo de los genomas. Hasta ahora no ha habido herramientas adecuadas para estudiar ese dinamismo, pero se está viendo cada vez con más frecuencia que los genomas no son estáticos. Nosotros, en particular, llevamos ya un tiempo tiempo trabajando con elementos especialmente muy dinámicos a nivel de genoma, es decir, elementos que se mueven, que generan copias repetidas, y que generan un dinamismo adicional de cambio que pueden ser una casuística muy grande en el cambio de las bacterias, en cómo se generan bacterias resistentes, que hasta ahora se creía que era sólo a nivel de plásmido, pero que realmente no, se está viendo que los cromosomas son muy dinámicos.

Como por ejemplo la famosa bacteria que salió el brote en Hamburgo, que se tuvo la secuencia veinticuatro horas después de haberla aislado y con toda la secuencia global se observó cuáles pudieron haber sido los determinantes de esa patogenicidad. Son estrategias que te están diciendo que los genomas son muy dinámicos. Estudiar ese dinamismo conlleva estudiar genómica de poblaciones. La genómica de poblaciones tiene inferencias en lo que es taxonomía, debemos de definir muy claramente qué tenemos en los cajones.

Tenemos que definir muy claramente si lo que tenemos en nuestras manos es una burkholderia o es un estafilococo, porque si te encuentras un estafilococo en un hospital te puedes poner nervioso, pero si te encuentras una burkholderia a lo mejor te tienes que poner todavía más nervioso.

Hay que tener muy claro dónde están los posibles focos de patogenicidad y después, por supuesto, preguntas básicas del tipo: ¿Todas las bacterias poseen todo?, ¿hasta qué momento decimos que tenemos una Escherichia coli o que tenemos una E. coli alien, extraña, que no se parece en nada a las demás?, ¿podemos poner realmente una barrera y definir claramente el concepto de especie en procariotas?

Hay un montón de preguntas que trascienden y que por supuesto finalmente tienen su proyección evolutiva, dentro de lo que es nuestra formación y nuestro impacto en la sociedad y que ayudan a definir cosas.

Proyectos de este tipo son los que están detrás de, llamémosle, el concepto de crear vida: decidir en todo momento lo que yo he metido a una bacteria dentro de un cromosoma y generar una nueva forma de vida en base a cada una de las letras que tiene ese cromosoma, porque las he puesto yo, porque lo he decidido yo.

P: Tal como ya se consiguió en 2010…

R: Eso es un proyecto que fue financiado o conseguido por Celera, en el que participó Craig Venter, con el que han generado un organismo nuevo, al que no le han dejado poner el nombre y al que ellos llaman Micoplasma laboratorium, porque todo el contenido génico de ese bicho ha sido decidido por un secuenciador. Lo cual no deja de ser extraordinariamente curioso. Esto es pura llamémosle ingeniería, pero al mismo tiempo yo hasta hace poco no estaba seguro de que fuera tan fácil conseguirlo. Pero si tú tienes la secuencia de algo en una base de datos puedes tener el organismo de ese algo sin necesidad de que el organismo exista, lo cual no deja de ser magia.

P: Entonces, dentro de poco podríamos tener rhizobacterias a la carta…

R: Completamente, o en el mejor de los casos podemos meter todo ese material genético dentro de una mitocondria o un cloroplasto y hacer que la propia planta sea capaz de hacerlo sin necesidad de establecer  simbiosis con bacterias. Hay proyectos de este tipo que también por ejemplo, intentan resolver el problema de los fertilizantes a nivel europeo, americano, internacionales y consorcios en los que en mayor o menor medida estamos implicados en el grupo.

P: ¿Habéis patentado los algoritmos que os han permitido secuenciar?

R: Estamos ahora mismo en conversaciones con el Centro de Computación de Málaga, probablemente quede como una especie de Know-How, porque patentar este tipo de algoritmo requiere  un desarrollo: página web, licencias… y creo que en principio nos superaría, pero existe la posibilidad de un Know-How en el que tú extiendes este tipo de algoritmo de una manera más sencilla, no es exactamente una patente.

“Lo peor que puede ocurrir en la ciencia es la indecisión como política a seguir”

P: ¿Está influyendo la crisis?

R: El impacto realmente está siendo brutal, decir que está influyendo es poco. En 1988, cuando comienzo mi tesis, a mi alrededor se ve un ánimo de gente que está volviendo del extranjero, que se está incorporando a los distintos laboratorios, que la investigación en España está resurgiendo, que empezamos a tener un impacto internacional importante. Y ahora estás viendo como en cuestión de meses, un año, cosas que nunca pasaban están pasando. Está realmente habiendo una especie de descorazonamiento subjetivo del ánimo.

¿Eso qué quiere decir? Que es una extraordinaria lástima, no que vayamos a dejar de hacer ciencia porque te aseguro que eso no va a pasar, pero sí que todo el esfuerzo que estás haciendo porque tu país se oiga, porque tenga peso, es un esfuerzo que está totalmente denostado por cuatro o cinco frases. Lo peor que puede ocurrir en la ciencia es la indecisión como política a seguir. Lo mejor que puede tener la ciencia es saber qué hay y qué no hay. La indecisión paraliza todavía más. Porque si a mí me dicen que no hay convocatorias de proyectos yo ya sé qué sólo puedo optar a proyectos europeos o bien a colaborar con el CONICEF en Argentina, con México y toda su agencia o con la universidad de York…

Pero, si de repente te mantienen en el standby que estamos en la actualidad, eso paraliza. O sea, eso de que la indecisión es la mejor decisión es lo peor que le puedes decir a un científico.

P: Y más cuando en ciencia todo tiene que planificarse con mucha antelación…

R: Tú no dices de repente que vas a hacer una tesis, no. La tesis es fruto de cuatro o cinco años de investigación. Cuando los becarios desaparecen es porque ya hay becarios en marcha que están empezando nuevos proyectos para que realmente el conocimiento del becario  se traslade al otro. Se están generando ahora unos huecos que están poniendo en peligro la continuidad de grupos de investigación.

Sé de gente, grupos senior, investigadores con proyectos internacionales, que han decidido irse con sus grupos de investigación a universidades extranjeras, y eso ya está pasando. Estoy hablando de personas senior de unos cuarenta o cuarenta y pico años. ¿Y quiénes hacen eso? Probablemente los que se merezcan más quedarse para levantar este país, pero son los primeros en darse cuenta de que así no se puede seguir.

A todos los políticos se les llena la boca diciendo que el I+D+i no se está viendo afectado, pero no es cierto. No tengo las estadísticas, pero debemos haber reducido un 30% de la plantilla que teníamos de tener hace un año y medio o dos.

Como pase un año o dos con este tipo de, llamémosles, indecisiones, es posible que nos retraigamos aún más. Y no sólo que nos vayamos en el ranking no uno o dos puestos, si no que acabemos fácilmente formando parte de esa cola de la creíamos estar alejados hace tiempo.

El capital humano que hay aquí es muy bueno. El capital humano del investigador español yo lo pondría en el top europeo. Primero: somos muy dinámicos. Segundo: somos latinos, tenemos ingenio. Tercero: lo hemos pasado lo suficientemente mal y hemos estado suficientemente escondidos para saber que no tiene que volver a pasar y estamos mucho más preocupados que la vieja guardia europea, donde todo parece mucho más asentado.

Estamos pidiendo a gritos volver a tener un nuevo premio Nobel. Y yo te digo que lo vamos a ver porque he visto a investigadores españoles ser brillantes en su campo a nivel internacional. Muy brillantes.

 

P: Pero lo vamos a ver ganándolo fuera…

R: Claro, Severo Ochoa ya fue así.

También entiendo un mensaje positivo. Las generaciones jóvenes tienen que tener una buena lanzadera a partir de España. Irse al extranjero por irse no… Al extranjero hay que irse porque tú ya vas recomendado, porque ya tienes tus contactos. Con los becarios que nos llegan creo que es necesario mantener con ellos un espíritu optimista. Es buena la formación en España, es buena la formación en el extranjero y es bueno que exista un enrejado que permita esa vuelta, pero al mismo tiempo, si no permite esa vuelta no pasa nada en el sentido de que lo bueno es que los investigadores tengan claro que deben de estar donde allí donde puedan realmente hacer bien su labor de investigación. La lástima es que eso no suceda aquí. Pero eso no  nos va a quitar un ápice para que sigamos cogiendo becarios, seguir animando a la gente para que siga estudiando carreras en ciencias y saber claro que ese caldo de cultivo es bueno que exista, aquí o en Texas. Pero debe de existir.

 

P: Así podrían llegar tan lejos como Sanger o Rodman.

R: Realmente las personas, los nombres o los métodos son sólo una punta de un entramado increíble de gente, de colaboraciones, de ideas… y la secuenciación masiva es un ejemplo más de la magia de las disciplinas interrelacionadas.

Está claro que se tienen que aunar esfuerzos de una investigación básica de calidad para que finalmente surjan las máquinas que nos están revolucionando la vida.

¿Desde cuándo un hospital como el Clínico de Granada puede tener una unidad de genómica en cáncer que asesora a pacientes y familiares? Y todo eso, ¿a qué es debido? A que hubo un momento en que un grupo de investigación de un determinado sitio estaba trabajando, entre otras muchas cosas, con una enzima que cuando se le suministraba ATP emitía luz, y que esa enzima procedía de un alga. Parece magia, pero es así. La enzima se llama luciferasa.

Y bueno, pongamos otros ejemplos a nivel de producciones agrícolas, a nivel de los famosos proyectos de Bill Gates en África… Hay mil y un detalles de que la investigación básica bien dirigida, bien financiada termina dando, llamémosle, optimismo humano a lo que estamos haciendo. Creo que es importante tenerlo en cada uno de los pensamientos diarios. Efectivamente, Sanger, son ejemplos del dinamismo de determinados grupos interdisciplinarios. Cuando ves proyectos bien pensado dices chapó por un proyecto que tiene tan buenos visos de tener un buen fin.

 “Estoy convencido de que tiene que haber proyectos jugando a hacer de Marte en un laboratorio de secuenciación”

P: Dentro de las aplicaciones de las estrategias de secuenciación masiva es la búsqueda de vida extraterrestre, como por ejemplo la tecnología Ion Torrent desarrollada por Jonathan Rothberg.

R: Me tengo que remontar al año 2005, cuando ya empecé a oír proyectos de este tipo de la NASA, hace unos ocho años. Todavía no existían los secuenciadores masivos a gran escala, pero ya se estaban planteando estrategias basadas en el ADN para buscar vida en Marte. ¿Por qué esto? Porque se ha robotizado todo tanto que perfectamente puedes llevar a cabo una secuenciación online, mediante el ordenador: ves al robot, coges la muestra, la metes en un determinado recipiente, hay todo un kit robotizado ya actualmente en la tierra que te extrae el ADN de esa muestra, de lo que sea, y sobre ese ADN ya lo puedes meter en un cacharro, por supuesto todo bien controlado etcétera, y que te permite tener imágenes, porque en realidad la secuenciación ahora no es otra cosa que tener imágenes, aunque estés a cuatrocientos mil millones de kilómetros de distancia: tú tienes imágenes. Esas imágenes las procesas en la Tierra y ya tienes lo que se ha secuenciado. O sea, que es completamente real.

Estoy convencido de que tiene que haber proyectos jugando a hacer de Marte en un laboratorio de secuenciación.

Como todo proyecto de secuenciación los límites ya los estamos llevando aquí. Se ha secuenciado el ADN de una única bacteria. Cuando digo una única bacteria no digo un cultivo bacteriano con muchas bacterias de una cepa en concreto, sino que quiero decir que han cogido una bacteria con unas pincitas, la han puesto en un eppendorf y obtenido el ADN de esa única bacteria. Está basado en una tecnología que se llama Single Cell Genomics.

Esta tecnología en parte está fundamentada en la patente que más dinero biotecnológicamente le está dando al CSIC español, una enzima que se llama GenomiPhi. Es una ADN polimerasa del fago φ29, el cual infecta a Bacillus. En España hay una experta en ese fago que lo ha desnudado de arriba abajo, se llama Margarita Salas.

P: Una de las grandes investigadoras de nuestro país…

R: La doctora Margarita Salas, que está en la Real Academia de la Lengua en su parte científica  y que tiene un montón de premios, tiene además en su haber la patente de esta enzima, que es capaz de amplificar ADN sin procesos de ciclamiento de PCR. Es decir, si tienes muy poquito ADN, añades esta enzima con una mezcla y te multiplica la cantidad de ADN entre cien y mil veces. Ese enzima, que se llama GenomiPhi y que está comercializando a nivel mundial le supone royalties al CSIC. Por eso no me extrañaría que fuera una enzima que se usara en los famosos proyectos en Marte.

Ahora, ¿A qué se debe que haya surgido esa enzima? ¿Se debe a una empresa que invirtió en Margarita Salas? No, se debe exclusivamente a una cosa, a que la investigación que se hace en España es de mucha calidad. La investigación básica, razonar cómo esta enzima actuaba, generar mutantes y tener muy claro cuál era el mecanismo de replicación de este fago ha dado unas pistas enormes para generar una idea, para generar una nueva empresa y una spin-off en la UAM, que no sé cuál será actualmente su estado, pero sé que está dedicada exclusivamente a desarrollar nuevas variedades mejoradas de esta enzima: más resistentes a temperatura, más estables o que polimericen fragmentos más largos.

Parece que sea un comercial, pero es simplemente curiosidad, ya que coincidí con Margarita Salas en mi etapa predoctoral, aunque no estaba en su grupo.g Es muy importante señalar este tipo de ejemplos.

(Ángeles Gómez Martínez)

Puedes ver en nuestro canal de YouTube el vídeo del seminario que Francisco Martínez-Abarca impartió en la UMH dentro del ciclo de seminarios del Instituto de Biología Molecular y Celular.

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4 febrero 2014